Setelah jatuhnya rezim Orde Baru pada tahun 1998, berbagai konflik terjadi di Indonesia, mulai dari konflik agama, politik, dan etnik. Kebebasan yang tiba-tiba dialami oleh bangsa Indonesia yang diikuti dengan kegaduhan politik nasional telah memunculkan kegelisahan sosial dan konflik yang disertai kekerasan. Kerukunan yang dipaksakan pada era Orde Baru seketika runtuh di tengah upaya pencarian pola politik dan sosial di kalangan masyarakat Indonesia. Keadaan dan konflik tersebut membawa Indonesia berada di ambang perpecahan dan kekacauan.
Berbagai konflik yang terjadi di Indonesia telah membangkitkan keprihatinan di kalangan akademisi, termasuk akademisi di UIN Walisongo Semarang, untuk memberikan sumbangsih dalam menyelesaikan permasalahan tersebut. Terlebih, sebagian besar akademisi UIN Walisongo merupakan tokoh agama atau tokoh masyarakat di lingkungan masing-masing. Ketidakstabilan sosial dan konflik yang terjadi menjadi tema utama dari diskusi yang dilakukan di kampus. Dari diskusi-diskusi tersebut, muncul ide untuk mendirikan sebuah lembaga yang memberikan perhatian khusus bagi mediasi dan resolusi konflik.
Walisongo Mediation Center (WMC) berdiri setelah adanya serangkaian diskusi di kalangan para dosen Institut Agama Islam Negeri (IAIN), sekarang Universitas Islam Negeri (UIN) Walisongo Semarang, dalam merespon perkembangan mutakhir bidang sosial, politik, dan keagamaan. Pilihan mediasi dan resolusi konflik didasari pertimbangan bahwa Penyelesaian Konflik Alternatif (APS) merupakan pendekatan yang paling mungkin dilakukan di tengah ketidakpercayaan publik terhadap lembaga politik dan hukum di Indonesia pada saat itu. Para pemimpin IAIN yang terlibat dalam diskusi tersebut mendukung sepenuh hati atas pembentukan badan baru yang kemudian disebut dengan Walisongo Mediation Center (WMC).
Secara resmi, Walisongo Mediation Center didirikan pada 4 Agustus 2004. Pusat mediasi ini sekarang berada di bawah naungan UIN Walisongo Semarang. Upacara peresmian WMC dihadiri oleh Gubernur Jawa Tengah saat itu, H. Mardiyanto, Rektor IAIN Walisongo Semarang, Prof. Dr. H. Abdul Djamil, M.A, dan tamu-tamu lainnya. Dalam upacara tersebut, Prof. Achmad Gunaryo diangkat sebagai direktur WMC pertama, yang kemudian digantikan oleh Prof. Dr. H. Imam Taufiq, M.Ag (2011-2020), dan saat ini dipimpin oleh Prof. Dr. H. Musahadi, M.Ag (2020-2023).