Sebagai sebuah organisasi modern, manajemen yang dikembangkan oleh WMC UIN Walisongo Semarang tidak bersifat top-down dimana keputusan kebijakan datang dari pimpinan level tertinggi. Akan tetapi, sistem organisasinya menganut pada manajemen kolektif kolegial, dimana penentuan kebijakan didasarkan atas keputusan bersama yang dibuat oleh semua anggota yang terlibat. Jadi, manajemen tidak didasarkan kepada satu figur saja.
Organisasi disusun dengan menekanan pada fungsi dan kerjasama di antara para anggota. Proyek-proyek yang dikerjakan oleh WMC UIN Walisongo Semarang didelegasikan kepada satu divisi, namun semua kebijakan didiskusikan bersama oleh semua anggota. Kombinasi yang berkualitas antara anggota dan didukung dengan struktur organisasi yang longgar namun kohesif memungkinkan WMC UIN Walisongo Semarang menjadi organisasi yang efektif dan solid. Struktur organisasi WMC UIN Walisongo Semarang telah berkembang dengan pesat sehingga mampu menangani berbagai program dan proyek berskala lokal, nasional, maupun internasional. Sejauh ini, struktur organisasi tersebut terbukti mampu menjawab dan memenuhi kebutuhan dalam mengelola kerjasama dan program WMC UIN Walisongo Semarang.
Struktur organisasi di atas dapat dijelaskan sebagai berikut:
- Manajemen organisasi ini terdiri atas seorang direktur dan wakil direktur. Para manajer tersebut memiliki otoritas untuk mengontrol seluruh unit organisasi yang bekerja. Prof. Dr. H. Musahadi, M.Ag adalah direkur WMC dan yang menjabat wakil direktur adalah Dr. H. Akhmad Arif Junaidi, M.Ag.
- Sekretariat mengontrol administrasi organisasi. Unit ini terdiri atas dua orang, yaitu Dr. H. Ahmad Tajuddin Arafat, M.S.I sebagai sekretaris dan Usfiyatul Marfu’ah M.S.I sebagai wakil sekretaris.
- Bagian keuangan/perbendaharaan (pendanaan) dijabat oleh Dr. H. Tolkah, M.A., M.Phil. sebagai bendahara dan Masrohatun, M.Si. sebagai wakil bendahara.
- Divisi pelatihan memiliki tugas untuk merancang modul-modul pelatihan, mengorganisir pelatihan, dan melakukan upaya kerjasama dengan organisasi lain. Divisi ini dikoordinir oleh Ahmad Syifaul Anam, M.H.
- Divisi pendidikan mengorganisir pelaksanaan pembelajaran dan pelatihan mediasi dan resolusi konflik, mendesain kurikulum, mengkoordinasi para pengajar, dan menginisiasi kerjasama dengan organisasi lain. Divisi ini dikoordinasi oleh Dr. Ahwan Fanani, M.Ag.
- Divisi penelitian bertugas mengorganisir program penelitian dan pengabdian serta menginisiasi kerjasama penelitian dan pengabdian dengan organisasi lain. Divisi ini dikoordinasi oleh H. Sukendar, M.A, Ph.D.
- Divisi layanan mediasi mengorganisir praktek mediasi, menunjuk mediator mediasi dan melakukan kerjasama dengan organisasi lainnya. Divisi ini dikoordinasi oleh Kasan Bisri, M.A.
- Divisi publikasi bertugas mengorganisir publikasi atau pemberitaan terkait aktifitas kelembagaan serta desiminasi hasil riset dan pengabdian. Divisi ini dikoordinasi oleh Mishbah Khoiruddin Zuhri, M.A.