Sebagai upaya untuk memajukan dan mendefinisikan masa depan organisasi, WMC UIN Walisongo Semarang menyusun visi dan misi guna mewujudkan mimpi dan perhatian WMC UIN Walisongo Semarang. Visi WMC UIN Walisongo Semarang adalah:
“Kapasitas lebih besar bagi perdamaian dan mekanisme yang maju untuk resolusi konflik di Indonesia.”
Untuk mewujudkan visi tersebut, WMC UIN Walisongo Semarang menjabarkannya menjadi misi-misi berikut:
“Memberikan sumbangsih bagi pencegahan, penyelesaian, dan transformasi konflik melalui pendidikan, pelatihan, penelitian, dan praktek mediasi.”
Misi tersebut mencakup agenda-agenda pencegahan konflik, resolusi konflik, dan transformasi konflik. Semua agenda itu disalurkan melalui 5 (lima) program utama, yaitu: 1 pendidikan, 2) pelatihan, 3) penelitian 4), pengabdian pada masyarakat, dan 5) praktek mediasi.